به منظور تکمیل فرایند ترخیص از گمرک، هزینه ای تحت عنوان هزینه گمرکی از بازرگانان اخذ می‌گردد. این هزینه بر اساس چند فاکتور توسط گمرک تعیین می‌گردد که این عوامل تعیین کننده به شرح زیر هستند:

• حقوق گمرکی و سود بازرگانی: صاحب کالا موظف به پرداخت درصد معینی از ارزش کالا به گمرک است. این درصد در کتاب تعرفه ها برای تمامی کالاها تعیین شده است. برای مثال تعرفه واردات کالای x، پنج درصد است یعنی صاحب کالا باید 5 درصد از ارزش کالا را به گمرک پرداخت کند.
• اخذ مجوز: با توجه به نوع کالا، نیاز است تا مجوزهای مختلفی مانند مجوز استاندارد، انرژی اتمی، بهداشت و … از ادارات مربوطه اخذ گردد. صدور این مجوزات نیامند پرداخت هزینه ای است که باید توسط صاحب کالا پرداخت گردد.
• تخلیه و بارگیری: هنگام ورود کالا به مبادی کشور، گمرک وظیفه تخلیه و بارگیری کالا را بر عهده دارد. (گمرک این مبلغ را بر اساس وزن بار تعیین میکند.) به همین منظور صاحب کالا موظف به پرداخت هزینه تخلیه و بارگیری کالا است.
• بیمه: بر اساس قوانین، صاحب کالا موظف به پرداخت 0.5 درصد از ارزش کالا به گمرک است.
• انبار داری: هزینه انبار داری طبق وزن خالص کالا، نرخ انبارداری و مدت زمان استقرار کالا در انبار محاسبه میگردد.

البته توجه داشته باشید که هزینه ترخیص کالا تحت شرایطی میتواند کاهش پیدا کند. درصورتی که فردی با تجربه، متخصص و آگاه با تمامی فوت و فن های ترخیص، فرایند ترخیص کالا را انجام دهد، می‌تواند از هدر رفت هزینه‌ها جلوگیری کند.